Кажется, этот случай - самый лучший пример того, что сборщик вашего проекта должен выглядеть как один Makefile, один shell скрипт или ещё что-то однофайловое, что можно открыть и прочитать, что должно происходить, перед тем как вообще запускать сборку. Если это выглядит как cmake поверх autoconf поверх ещё целой папки с скриптами и в конце генерится нечитаемый Makefile - всю систему сборки можно отправлять в топку и переписывать начисто так, чтобы всё, что происходило - это билдились нужные elf-файлики запуском cc. Сами исходники xz по-факту чистые, бекдор весь в тестах лежал.